Voluta per voto cittadino contro la peste, la chiesa venne iniziata nel 1530 e costruita a più riprese fino al 1561, come testimoniano gli stemmi dei rettori veneti Giacomo Salomon (1659) sulla colonna di sinistra e di Pietro Loredan (1561) sotto la statua di San Rocco inserita al centro della facciata.
Venne officiata dai Cappuccini tra il 1605 e il 1769 assieme al retrostante convento, che dopo la chiusura in età napoleonica nel 1806, passò al demanio e fu acquistato dalla contessa Elisabetta Agosti nel 1856. Ristrutturato il complesso, la chiesa venne riaperta al culto nel 1860 e il convento fu trasformato in orfanotrofio da don Antonio Sperti.
L’istituto fu poi affidato assieme alla chiesa ai Salesiani dal 1924 al 1957. All’esterno, sotto il portico, due affreschi datati 1564 con la Trinità e i SS. Rocco e Sebastiano, sulla destra, e i SS. Cosma e Damiano a sinistra. All’interno, dietro L ‘altare maggiore, una copia cinquecentesca dell’Assunta di Tiziano, l'”Estasi di S. Francesco” del bellunese Gaspare Diziani (1689-1767), un grande tabernacolo ligneo di Valentino Panciera Besarel (1829-1902) ed altre pitture di Luigi Speranza (1819-1879), Luigi Cima (1860-1944) e Antonio Duodo.
