Il battistero è stato edificato dopo il 1516 sulle fondamenta di una precedente chiesa dedicata a San Martino.
Rimaneggiata molte volte anche a seguito dei due terremoti del 1873 e 1936, ospita dal 1555 l’antico fonte battesimale, per cui è da secoli il Battistero del vicino Duomo cittadino. Nel 1970 fu oggetto di pesanti lavori di sistemazione, che ne cancellarono le caratteristiche architettoniche principali realizzate alla fine dell’Ottocento.
Dopo il terremoto del 1873, che comportò la demolizione della vicina chiesa di S. Andrea, ne ospita la trecentesca Madonna delle Grazie, mentre le sue numerose tavolette ex-voto (dal XV al XIX secolo) sono conservate al Museo Civico.
L’intervento di restauro del manufatto storico, vincolato dalla Soprintendenza, ha inteso ricordare e riproporre gli elementi decorativi realizzati alla fine dell’Ottocento sulle facciate sud e ovest, “segnando” sull’intonaco, con il chiodo, il perimetro delle fasce e degli elementi decorativi che risultavano facilmente visibili nella documentazione fotografica della chiesa dopo il terremoto del 1873. Tali parti sono state oggetto di una leggera velatura di colore mattone chiaro. Sono state anche restaurate le parti in pietra (colonne davanzali, bordi) e i bassorilievi presenti sopra la porta principale (il Battesimo di Cristo del bellunese Giovanni Giacobini), così come i due piccoli campanili posti sul fronte sud e tutte le parti di lattoneria.
All’interno, a coronamento della grande vasca battesimale, un piccolo San Giovanni Battista opera di Andrea Brustolon (1662-1732).
